Efter 1990 blev de første væsentlige ændringer gennemført samtidigt med, at Humlemagasinet åbnede de første galleriudstillinger. Handel med humle har præget stedet gennem 100 år, og derfor var det oplagt, at den første have skulle være en humlehave. Humlemagasinets logo er derfor også en humleranke.
Æblehaven blev indviet i 1994. Igen i relation til stedets historie. På de bagvedliggende marker havde der indtil 1972 været en æbleplantage og den gule bygning, der i dag huser Humlemuseet og Sigfred Pedersen Museet samt Dagmarsalen, var blevet bygget i 1944. Humlemagasinet ejer et lille stykke jord på modsatte side af Rugårdsvej. Arealet blev ryddet i 1999, og Prinsesse Maries Have blev anlagt.
Udvidelse af haverne til at dække de resterende arealer var ikke planlagt før end i 2000, hvor Peder og Ole rejste til England. Her besøgte de 41 engelske haver og fik ideen til at anlægge haver på alle 10 tdr. land. Først blev den lange græsgang på 140 meter med klippede taks og kant af bøgehække samt Den engelske Rosenhave anlagt. I 2002 anlagdes Agavehaven.
Arbejdet på det store areal tog først for alvor fat efter 2004. Indtil da blev der dyrket korn på arealet. De tre alléer blev påbegyndt i stubmarken med en harve efter en traktor. En lastbil kom med sand, og stierne var nu markerede, men stadig ikke tilplantet eller gangbare.
Donationer fra fonde og private gjorde det muligt at anlægge nye haver. Alléerne blev plantet. En tidligere sø, Langkæret, blev udgravet, og jorden derfra blev anvendt til en spiralhøj, Ewalds Høj. Dernæst udarbejdedes en haveplan med forslag til stisystem, søen og de nye bede og nye temahaver, som efterfølgende er blevet anlagt. Den seneste tilføjelse er opførelsen af Ruinen i 2014.
I haverne er der opstillet borde og bænke, som kan benyttes af Humlemagasinets besøgende. Det er tilladt at nyde medbragt mad og drikkevarer. De fleste gange er belagt med stenmel eller grus, så det er muligt at komme rundt med kørestol eller rollator.
Alle haverne vedligeholdes af Ole og de mange frivillige. Kun ved større anlægsarbejder eller ændringer benyttes anlægsgartnere.