Humlemagasinet drives af forskellige aktører: De to ejere af stedet, Peder Pedersen og Ole Bjørn Pedersen, Humlemagasinet og Sigfred Pedersen Museets Fond, Humlemagasinets Støtteforening og de frivillige.
Peder Pedersen og Ole Bjørn ejer bygningerne og arealet, hvorpå Humlemagasinet er beliggende. Undtaget er dog den bygning, som rummer Sigfred Pedersen Museet, Humlemuseet og Dagmarsalen. Denne bygning, der oprindeligt var et frugtlager fra 1944, ejes af Humlemagasinet og Sigfred Pedersen Museets Fond.